出自东汉皇族，汉光武帝之子沛献王刘辅六世孙度辽将军刘进伯的后代，而到北魏时代北鲜卑独孤部属于以部落名称汉化姓氏。

独孤氏诸多史籍文献中说独孤氏是东汉光武帝刘秀的后裔。

出自匈奴右贤王的休屠部，亦称“休屠各、休屠、屠各”，是西汉时期匈奴休屠王的后裔所建之部落群体。

匈奴民族自秦、汉之际为冒顿单于统一以来，势力一时非常强大，他们雄踞蒙古高原，向东扩展至朝鲜边界，向西伸延至巴尔喀什湖，向南深入到河套附近。冒顿单于将这片辽阔的地域划为左、中、右三部分，自己统治中部，左、右二部由他派人治理。西汉王朝建立后，由于国力不足，政局不稳，对匈奴一直实行“和亲”政策。

汉武帝即位后，由于社会生产得到恢复和发展，国力日益强大，便中止和藩政策，展开了对匈奴诸部的大规模作战。汉元狩二年（公元前121年），汉武帝派骠骑将军霍去病于春、夏二季连续率强大的军队攻打位于西部的右匈奴。三国时期，中原再次分裂，已由辽西迁居于西北地区的鲜卑民族拓拔部崛起，到西晋时期，屠各部主动归附于北魏王朝的缔造者道武帝拓拔珪，成为后世所称的鲜卑独孤部，并与拓拔部贵族世代联姻，为北魏政权最初的八部之一，也是北魏王朝建立后的三十六部贵族之一。

在独孤氏族人的后裔子孙中，后在北魏孝文帝迁都洛阳以后实施的汉化改革过程中大多则改为单字姓独或姓孤或汉姓杜，当然仍有保留复姓独孤氏的为数不多的分支。存在的复姓“独孤”人口约不足百人，定居在内蒙及境外。

出自北魏时期代北鲜卑独孤浑部，属于以部落名称汉化姓氏。

据史籍《魏书》记载，南北朝时北魏政权有独孤浑氏，为鲜卑拓拔部的氏族部落之一。鲜卑独孤浑氏，排在鲜卑贵族一百一十姓之末，是代北地区鲜卑族代国旧部。独孤浑部原为鲜卑拓跋部的从属部落之一，原游牧于云中一带（今内蒙古托克托）。曹魏甘露三年（公元258年），拓跋部大人拓跋力微率部徙居盛乐（今内蒙古和林格尔），之后召集诸部，以武力确立了拓拔部在部落联盟中的大酋长地位，建立了代国。在拓跋力微病逝后，诸部离叛，独孤浑部则是最先离叛的部落之一，曾一度依附于万俟部。

东晋太元八年（公元383年），前秦国经淝水之战惨败后，国力日弱，拓跋寔十六岁的儿子拓拔珪不失时机地召集父王的旧部，以武力加智慧实施占地称王之策，迅速扩展势力，到了东晋太元十一年（公元386年），拓拔珪复国，称代王，同年改称为“魏”，史称“北魏”，之后鲜卑万俟部归附拓拔珪，独孤浑部转了一大圈，仍然随着万俟部回复到拓跋部中。此后，拓拔珪将独孤浑部排位在贵族行列的最末。

在北魏孝文帝的改革过程中，独孤浑氏大多改为汉姓杜氏、独氏、独孤氏，其中的杜氏是为河南洛阳杜氏。

来自赐姓。

《周书.文帝下》：魏氏之初，统国三十六，大姓九十九，后多绝灭。至是，以诸将功高者为三十六国后，次功者为九十九姓后，所统军人，亦改从其姓,穿鲜卑服装。由于宇文家族实行鲜卑化政策，赐姓其势力下的汉人将领和望族，其部将家族和家仆也要跟从改姓，其中改独孤姓的有李楷，李盛，李屯，高颎，杨突，高宾，韩雄等。

北魏孝文帝迁都洛阳后，将鲜卑族的复姓独孤氏改为汉字杜姓，成为当时大姓之一。

独孤姓望居河南郡（汉高祖时置郡，相当于河南省洛阳市一带地区）、高阳郡（北魏时置郡。相当于河北省高阳县一带地区），汉阳郡或陇西郡（甘肃东南部西汉水上游一带），百家姓流传至广，关中多战乱，历史上族人避祸多迁徙至陇右。然几经变迁，跟许多复姓（如欧阳、宇文、端木、上官、司马、东方、南宫、万俟、闻人、夏侯、诸葛、尉迟、公羊、赫连、澹台、皇甫、宗政等）一样已经简化为单姓，同样的“独孤”姓也简化为“独”姓。

历史名人独孤信曾任秦州刺史，传承甘肃礼县盐官独家川附近（古秦州界地）有万余人为独姓氏，祁山附近独家川全村几乎全姓独，可以说在国内算是独孤一脉比较聚居的地区。今天该地仍留存宗族庙宇，每年定期族人在家神庙（家族祠堂）举行祭祀仪式，缅怀先祖。

武威郡和敦煌郡，也是独孤氏的重要来源地，其中屠各城就在武威郡。

另外，据说在河北唐山和广东广州都有独氏（由独孤姓演化而来）族人后裔少数分布。