慈灯寺是清代归化城（今呼和浩特旧城）最著名的召庙之一，是归化城内小召（呼和浩特旧城的崇福寺）的属召。

由小召著名的活佛阳察尔济喇嘛于清雍正五年（1727年）奉敕建造，雍正十年（1732年）竣工，寺庙建成后，雍正帝赐名"慈灯寺"，并赐予蒙、藏、汉三种文字寺额，为藏传佛教寺院。

清光绪十二年（1886年），活佛阳察尔济格根三世圆寂，因没有寻到转世活佛，喇嘛们都返回了小召。

慈灯寺从此失去了往日的繁华，随着岁月的流逝，慈灯寺逐渐荒芜，寺宇败落。

至20世纪60年代末（1966年），佛殿完全坍塌无存，只留下殿后的"金刚座舍利宝塔"巍然屹立。，

金刚座舍利宝塔主要由金刚座和上部五个方形舍利宝塔构成。这种形式的佛塔在中国出现较晚，也比较罕见。塔为砖石结构，通高约13公尺，平面呈长方形。

造型优美，比例严谨，在建筑艺术上有很高的造诣。塔身外面饰以雕刻涂釉加工预制的琉璃砖，在边缘和转角处镶以白色条石，光彩的琉璃用于受光强烈的桃檐和塔刹，作重点装饰。

金刚座南面正中凸出部分开有拱门，旁为四大天王像，门上正中嵌有蒙、藏、汉三种文字书写成的“金刚座舍利宝塔”汉白玉石匾额。

塔内用半圆砖拱，门内的无梁殿东西角有搂梯通上座顶，出口处是一座方形攒尖亭。亭北设置五座方形舍利小塔，当中的小塔出檐七层，四隅小塔形式都是五层出檐。五座塔的塔身都嵌有佛像、菩萨、菩提树、景云等砖雕，刻工精巧，玲珑秀丽。