阿拉善有两个蒙古部落组成，和硕特部和土尔扈特部。和硕特部蒙古人原来生活在新疆青海境内。清初，漠西蒙古准噶尔部崛起后，生活在新疆境内的和硕特部和土尔扈特部被迫迁往青海和俄罗斯的伏尔加河下游等地区。

康熙二十五年（1686年）阿拉善和硕特部得到康熙皇帝首肯，赐牧于贺兰山西套一带，后逐渐在阿拉善地区固定下来。

准噶尔汗国策妄阿拉布坦时期，远在伏尔加河下游游牧的土尔扈特部500人，前往藏区朝佛，后由于策妄阿拉布坦的阻挠，被截留在阿拉善地区。乾隆皇帝干脆将该部留在阿拉善额济纳地区游牧。

清初，位于中亚、新疆境内漠西蒙古准噶尔汗国对清朝形成了强大的军事压力。准噶尔首领噶尔丹以喀尔喀部在宗教法会上，慢待达赖喇嘛使者为由，发动了正对喀尔喀部的军事行动，一度将战事引发到内蒙古境内。

康熙、雍正、乾隆三代皇帝，通过70多年的时间，才彻底将准噶尔的军事危险消灭，并逐步将新疆、青海、西藏等漠西蒙古的势力范围，纳入了清政府的管辖范围。在针对准噶尔汗国等军事行动中，阿拉善和硕特部成为急先锋，是清朝统治者的中坚力量。由于清政有“恩”于阿拉善和硕特蒙古，阿拉善和硕特部在清政府控制新疆、青海蒙古逐步起到起到重要的作用。