元代军队中的蒙古军，以蒙古人为主体。蒙古人“家有男子，十五以上，七十以下，无众寡尽签为军。有事则空营帐而出，十人为一牌，设牌头。上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。这些蒙古军人要自备武器、马匹，只要有任务，便征发作战需用的物资，包括旗帜、马钉、绳索等等，并按照出征的规模进行签发。被签发的军人出征时，其手下的“驱口”和“驱丁”，也就是他们的奴隶也要随同出征。这种办法在元代一直沿用，元世祖忽必烈在至元四年规定：“签蒙古军，每户二丁、三丁者一人；四丁、五丁者二人；六丁、七丁者三人”。

元朝建立后，将哈刺鲁人、钦察人、唐兀人、阿速人等民族称为色目人，这些民族的男丁也隶属蒙古军籍，分编成独立的军队，如唐兀军、哈刺鲁军、儿浑军、畏兀儿军等等，成为冲锋陷阵的敢死队。

元代也有一支名叫“色目军”的军队，指的是由色目人组成的侍卫亲军。蒙古军中签发出征的士兵，有时需要根据情况，长期镇守在被蒙古人占领的地区，这些军人称为“探马赤军”。蒙古人大多不愿意远离草原，所以在选调探马赤军时，往往以成为蒙古人奴隶的外族人充任，造成了探马赤军中既有蒙古人、色目人，也有汉人的情况。

元朝山东、河南、陕西、四川等地的探马赤军，由分设在淡州、洛阳、风翔和成都的四个蒙古军都万户府掌管，称作蒙古军户。

蒙古的“汉军”并不是南宋的降军，而是金国的降军。汉军来自金朝末年出现在中原各地的金国投降地方武装、降蒙的金朝正规军、中原地区签发的士兵，也包括早期降蒙的少数宋军。元朝至元十年之后降蒙的宋军被称作“新附军”，与“汉军”无论是地位还是待遇都有所区别。

对宋战争中投降的南宋军队，被称作“新附军”或者“南军”，新附军人的数量在二十万人左右，这些人中，“堪以当军者收系充军，依旧例月支钱粮；不堪当军者，官给牛具、粮食，屯田种养”。元朝在征日本、安南、占城的几次战役中，都曾大量使用新附军。所以从兵制上来说，元朝军队有蒙古军、探马赤军、汉军、新附军四个系列。

“怯薛军”严格来说不是一个单独的军种，它只是蒙古大汗的护卫亲兵。“怯薛军”不是成吉思汗创建的，在他之前已有了怯薛军。

蒙古汗国时，贵族领主“那颜”的亲兵称为“那可儿”，主要用来镇压游牧民，参加那颜夺取牧场、牲畜和奴隶的战争。早在1137年，金国派使者就“看到合不勒汗（成吉思汗的曾祖父）同几个那可儿疾驰着”。俺巴孩汗在作战中，也是“率领着他们的二十名那可儿，举起长矛，向敌军奔驰过去”。

在蒙古部落中，较大的部落首领都有自己的那可儿护卫。部落首领承认那可儿们的私有财产，给其优厚的地位，那可儿对部落首领有服侍、保卫、随从和征战的义务。1189年，成吉思汗成为蒙古部首领后，他的那可儿们誓言：“如果不遵从合罕帖木真发布的命令，你可以数弃我们的妻女，没收我们的财物，把我们的头颅抛在荒郊野外”。

那可儿必须服从部落首领的一切命令，平时侍卫首领，以生命保卫领主。首领们对于自己的那可儿，要给其财产和相应的职务，要保护他们不受侵害。首领们对于那可儿的信任及那可儿们对首领的忠诚，是首领事业成败的重要因素。

成吉思汗的那可儿在其一统蒙古的大业中发挥了很大的作用。成吉思汗依据那可儿们的才能来任命他们的职务，在他们的努力下，成吉思汗的实力得到了大幅发展。在成吉思汗与扎木合的两次战争中，没有那可儿们的努力，成吉思汗也不能轻易战胜势力强大的扎木合。

成吉思汗统一蒙古各部后，随着实力的发展，蒙古首领们的那可儿越来越，那可儿们成为专门护卫部首领的护卫军。“怯薛军”便应运而生。

在1204年成吉思汗攻打乃蛮部的战争前期，成吉思汗战败，沿合勒合河东岸撤退，一直退到人烟荒芜的巴勒诸纳。这时，乃蛮部派使者与汪古部联系，准备两路夹击，一举歼灭成吉思汗。成吉思汗召集宗亲和那可儿们召开会议，成吉思汗的异母弟别勒古台说：“乃蛮有广大的牧地，有众多的人民，有丰富牲畜。现在我们去征伐，他们来不及收拾马群，一定会遗弃逃跑。我们决不可轻易放过，大家前去征伐呀！”

成吉思汗征求了那可儿的们意见后，制定了先发制人的战略。以六个心腹那可儿六个人为统领军队的“扯儿必”，在剩余的那可儿中挑选并组建怯薛。当选怯薛的条件是必须是军官或者自由民的子弟、有才干、身体健壮者。这支成吉思汗组建的怯薛军战斗力极强，帮助成吉思汗战胜了不可一世的乃蛮部。

《蒙古秘史》记载：“他跃马冲敌，怯薛紧跟左右，拼命向前。怯薛们有铜硬的头，锥利的舌，钢铁的心，钉凿的齿，以露为饮，以涎为食，以风为骑，以剑为友，好象饿鹰翎翔而来，好象怒兽跳扑而来”，一举打垮了装备精良、人数众多的乃蛮军队，乃蛮首领太阳汗也被生擒。

1206年成吉汗建立蒙古汗国后，立即着手整顿和扩充“怯薛军”。在统一蒙古的过程中，成吉思汗深深地认识到怯薛军的重要性。“欲制服强敌，只有用武力；兵力少，只有发展精兵，提高战斗力”。为此，成吉思汗为“怯薛军”制定了更为严格和系统的规章：规定怯薛的出身必须是军官及自由民的子弟，必须身体健全，弓马技艺出众。千户长的儿子可带十个同伴和一个兄弟，百户长的儿子可带五个同伴和一个兄弟；十户长的儿子和自由民的儿子可带一个同伴和一个兄弟。怯薛所用的物品由所在千户管辖区内征用。

成吉思汗精心挑选的一万名怯薛组建成一支中军，将其编为宿卫、箭筒士、散班。任命最信任的斡儿出、木合黎、罗忽勒、赤老温为怯薛军的四位指挥官。一万名怯薛分为一千名箭简士、一千名宿卫、七千名散班、一千名勇士军。散班、箭筒士是白班守卫，宿卫是夜班守卫。箭筒士手拿弓箭，守卫在大汗的左右，形影不离。恸薛的散班、宿卫、箭筒士分为四个班，每班三日一换。同时，成吉思汗明令：“太阳落了之后，有在我的宫帐前后行走的人，宿卫就逮捕他审问。夜里宿卫在宫帐附近的人，如遇有闯门的人，砍断他的肩，切掉他的头。夜间要报告紧急事项的人，应先告知宿卫，未得宿卫的允许，谁也不准进来。”

忽必烈即位初年，其弟阿里不哥也在漠北称汗，原来的蒙古怯薛军也一分为二：一部分护送蒙哥汗的灵枢返回漠北，归属于阿里不哥；一部分在怯薛长不花等人的率领下，东投忽必烈。中统二年五月，忽必烈任命不花为中书省右垂相，并将木华黎的后人安童、博尔术的后人玉昔帖木儿、博尔忽的后人月赤察儿召到身边，充任怯薛长的职务。归属忽必烈的蒙古千户，亦应按旧有的制度，以子弟入充怯薛。

忽必烈战胜阿里不哥后，于中统四年二月，“诏统军司及管军万户、千户等，遵太祖之制，令各官以子弟入朝充秃鲁花”。怯薛的定额，仍然是一万人。按规定汉人和南人无权充任怯薛，但这时实际上“多有投充怯薛歹、鹰房子等名色”，怯薛军只过是以蒙古人为主而已。随着时间的发展，怯薛军一万人的定额也经常被突破，元朝政府不得不多次进行“沙汰”。到元文宗至顺元年八月核定怯薛人数，“定大内四宿卫之士，每宿卫不过四百人；累朝宿卫之士，各不过二百人。鹰坊万四千二十四人，当减者四千人。其汰去者，斥归本部著籍应役”。至顺三年四月，中书省官员又上奏：“去岁宿卫士给钞者万五千人，今减去千四百人，徐当给者万三千六百人”，怯薛的数量仍然未能削减至万人。

怯薛和侍卫亲军虽然同属于中央宿卫组织系统，但在职能、隶属关系和兵员征集等方面却有着明显的不同。从职能上讲，怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和大帐的防卫，一般不外出作战；侍卫亲军则既要负责大都、上都的安全和“腹里”地区的镇戍，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去镇压地方的起义和外来的侵扰。

从隶属关系上说，怯薛由怯薛长掌管，直接与皇帝发生关系；侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫侍卫归隶东宫太子外，均隶属于专掌军政的枢密院。在兵员征集上，怯薛成员主要来自蒙古草原各部，侍卫亲军则不仅来自中原的探马赤军、汉军和新附军，原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女也是侍卫亲军的重要来源。也就是说，侍卫亲军与当时存在的几个兵员征集系列都发生关系，而怯薛只是和蒙古军兵员征集系列发生关系。

至于说怯薛军是一个什么样的存在，可以参考成吉思汗组建了万名怯薛军后，满怀雄心说过的一句话：“一万名护卫军团结起来，作为我的大中军，我们可以战无不胜。”事实上成吉思汗依靠这支“怯薛军”，“灭国四十，平西夏，其奇勋伟迹甚众”。