杭锦旗位于鄂尔多斯高原西北部，西、北两面隔黄河与巴彦淖尔市相望，南邻鄂托克旗、乌审旗，东与东胜区、达拉特旗、伊金霍洛旗接壤。地跨鄂尔多斯高原与河套平原。